Вроде нашел в чем проблема. Дело в файле которые меняет обычные маркеры миссии (лампочки) на конкретные согласно типам миссии. Этот файл почему то конфликтует с некоторыми параметрами объектов. Как только вернул старый файл все те корабли и станции появились.
Добавлено спустя 12 минут 27 секунд:Заметил еще 2 проблемы.
1. Русская версия x3tc + tott нестабильна - вылеты из игры особенно при прыжке в Нептун после получения задания на отстрел ксенонов, или из за того что сохраненка испорчена (corrupt)
2. В английской версии вместо русского текста - textidnotfound, из за этого трудно играть мини-миссие с брифингом по русский как поиск артефакта с премией в 1 млн кредитов. Может кто нить смог решить проблему русского текста в английском tott.